Projects and Publications

The project “MACYA – Molecular Atlas of Cancer in Young Adults”

Lilia D. Zhuikova, Galina A. Kononova, Olga A. Ananina, Elizaveta A. Prostakishina, Elena S. Kolegova, Evgeny V. Denisov, Anna O. Shakhzadova, Evgeny L. Choinzonov, Cancer trends among young adults in Russian Federation: An analysis of population-based cancer registry data // Cancer Epidemiology. 2026; 102: 103081. Doi: 10.1016/j.canep.2026.103081

The project “Molecular landscape of early-onset oral cancer“, the project leader is Prof. Evgeny Choinzonov, the director of Cancer Research Institute of Tomsk NRMC (Supported by the Russian Science Foundation)

Publications

Prostakishina E.A., Sidenko E.A., Kolegova E.S., Patysheva M.R., Kononova G.A., Choinzonov E.L. Premalignant lesions of the oral cavity: a narrative review of factors and mechanisms of transformation into cancer // Int J Oral Maxillofac Surg. 2025; 54: 479–493. Doi: 10.1016/j.ijom.2024.12.006
E.S. Kolegova, A.A. Korobeynikova, R.S. Vorobev, I.K. Fedorova, D.E. Kulbakin, G.A. Kononova, L.D. Zhuikova, A.P. Polyakov, A.V. Mordovsky, I.V. Novikova, A.D. Kaprin, P.A. Shatalov, P.V. Shegai, L.P. Yakovleva, A.S. Vyalov, V.T. Tsiklauri, O.A. Saprina, M.A. Kropotov, N.G. Suchkova, N.S. Sukortseva, S.I. Samoilova, I.V. Reshetov, E.L. Choinzonov, and E.V. Denisov. Genetic alterations of oral cancer associated with progression in young adults // Russian Journal of Genetics. 2025; Vol. 61, No. 5, pp. 564–572. Doi: 10.1134/S1022795425700085
M.R. Patysheva, E.S. Kolegova, A.A. Khozyainova, E.A. Prostakishina, V.Y. Korobeynikov, M.E. Menyailo, P.S. Iamshchikov, D.M. Loos, O.I. Kovalev, M.V. Zavyalova, I.K. Fedorova, D.E. Kulbakin, I.V. Larionova, A.P. Polyakov, L.P. Yakovleva, M.A. Kropotov, N.S. Sukortseva, Y. Lu, L. Jia, R. Arora, E.L. Choinzonov, P. Bose, E.V. Denisov Revealing molecular mechanisms of early-onset tongue cancer by spatial transcriptomics // Sci Rep 14, 26255 (2024). Doi: 10.1038/s41598-024-76044-2
Tretyakova M.S., Prostakishina E.A., Kolegova E.S., Choinzonov E.L., Denisov E.V. Tumor models in the investigation of oral cancer pathogenesis and treatment development // RUDN Journal of Medicine. 2025;29(4):480-487. Doi: 10.22363/2313-0245-2025-29-4-480-487
Kolegova E.S., Schegoleva A.A., Vorobev R.S., Fedorova I. K., Kulbakin D. E., Polyakov A. P., Mordovsky A. V., Yakovleva L. P., Vyalov A. S., Tsiklauri V. T., Kropotov M. A., Suchkova N. G., N. S. Sukortseva, Reshetov I. V., Choinzonov E. L., Denisov E. V. Genetic Features of Tongue Cancer Recurrence in Young Adults / Bull Exp Biol Med. 177, 359–362 (2024). Doi: 10.1007/s10517-024-06189-7
Zhuikova L.D., Kononova G.A., Ananina O.A., Choynzonov E.L., Denisov E.V., Kolegova E.S., Zhuikova A.S. Oral cavity cancer epidemiology in men and women in the Siberian Federal District / Russian Journal of Preventive Medicine. 2024;27(11):46‑53.
Doi: 10.17116/profmed20242711146
E.A. Prostakishina, T.D. Dampilova, L A. Kononova , P.S. Iamshchikov, M.R. Patysheva, E.S. Kolegova, E.L. Choinzonov, E.V. Denisov. Molecular Landscape of Oral Cancer in Young Adults // Russian Journal of Genetics, 2023, Vol. 59, N 11, Р. 1190–1201. Doi: 10.1134/S1022795423110108
Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Kolegova E.S., Patysheva M.R., Denisov E.V., Polyakov A.P., Mordovsky A.V., Rebrikova I.V., Kaprin A.D., Averinskaya D.A., Romanova M.E., Shatalov P.A., Shegay P.V., Kudashkina D.S., Yakovleva L.P., Vyalov A.S., Kropotov M.A., Tsiklauri V.T., Saprina O.A., Sukortseva N.S., Samoilova S.I., Reshetov I.V., Choinzonov E.L. Treatment of young adults with oral cancer: current state and outlook (The Consortium «Etiology and pathogenesis of oral cancer in young adults»). Part 2. Head and neck. Russian Journal. 2023;11(1):74–84. Doi: 10.25792/HN.2023.11.1.74–84
Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Kolegova E.S., Patysheva M.R., Denisov E.V., Choinzonov E.L., Polyakov A.P., Mordovsky A.V., Rebrikova I.V., Kaprin A.D., Averinskaya D.A., Romanova M.E., Shatalov P.A., Shegay P.V., Kudashkina D.S., Yakovleva L.P., Vyalov A.S., Kropotov M.A., Tsiklauri V.T., Saprina O.A., Sukortseva N.S., Samoilova S.I., Reshetov I.V. Treatment of young adults with oral cancer: current state and outlook (The Consortium «Etiology and pathogenesis of oral cancer in young adults»). Part 1. Head and neck. Russian Journal. 2022;10(4):83–91. Doi: 10.25792/HN.2022.10.4.83–91
Kolegova E.S., Patysheva M.R., Larionova I.V., Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Choinzonov E.L., Denisov E.V. Early-onset oral cancer as a clinical entity: aetiology and pathogenesis // International Journal of Oral and Maxillofacial Surgery. Doi: 10.1016/j.ijom.2022.04.005

E. Kolegova, M. Patysheva, E. Prostakishina, A. Korobeynikova, M. Menyailo, R. Vorobev, V. Korobeynikov, I. Fedorova, D. Kulbakin, A. Mordovsky, D. Kudashkina, A. Polyakov, A. Kaprin, A. Vyalov, L. Yakovleva, V. Tsiklauri, O. Saprina, M. Kropotov, N. Sukortseva, S. Samoilova, I. Reshetov, E. Choinzonov, E. Denisov. Molecular landscape of oral cancer in young adults // 2ND INTERNATIONAL MEETING ON PRECISION ONCOLOGY AND PERSONALIZED MEDICINE FOR HEAD AND NECK CANCER, 17–18 January 2025, Heidelberg – P. 21.
E. Kolegova, M. Patysheva, E. Prostakishina, A. Korobeynikova, M. Menyailo, R. Vorobev, A. Khozyainova, I. Zhalsanova, A. Zarubin, N. Skryabin, I. Fedorova, D. Kulbakin, A. Mordovsky, D. Kudashkina, A. Polyakov, A. Kaprin, A. Vyalov, L. Yakovleva, V. Tsiklauri, O. Saprina, M. Kropotov, N. Sukortseva, S. Samoilova, I. Reshetov, E. Choinzonov, E. Denisov. Multi-omics of early-onset oral cancer // 17th Annual Meeting of the Korean Society of Medical Oncology & 2024 International Conference (KSMO 2024), Sep. 26-27, 2024, Seoul, Korea, PP275, P. – 401. Doi: 10.1016/j.esmoop.2024.104040
Prostakishina E., Patysheva M., Kolegova E., Menyailo M., Khozyainova A., Fedorova I., Arora R., Choinzonov E., Kulbakin D., Bose P., Denisov E. Spatial transcriptional landscape of early-onset tongue cancer // BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE / SYSTEMS BIOLOGY, 14th International Multiconference (BGRS/SB-2024), August 5–10, 2024, Novosibirsk, Russia. P. – 2372. Doi: 10.18699/bgrs2024-4.2-19
E.A. Prostakishina, M.R. Patysheva, E.S. Kolegova, A.A. Khozyainova, M.E. Menyailo, I.V. Larionova, I.K. Fedorova, D.E. Kulbakin, E.L. Choinzonov, E.V. Denisov. Immune landscape features of tongue cancer in young adults // X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2023. — 814 с. – C. 712-713. Doi: 10.25205/978-5-4437-1526-1-363
Колегова Е.С., Щеголева А.А., Воробьев Р.С., Федорова И.К., Кульбакин Д.Е., Чойнзонов Е.Л., Денисов Е.В. Особенности мутационного ландшафта рака полости рта у молодых пациентов // III Всероссийская конференция “Высокопроизводительное секвенирование в геномике”. Тезисы – Новосибирск: Академиздат, 2022.- 122 с. – С. 101.
Kolegova E., Vorobev R., Fedorova I., Gerashchenko T., Kulbakin D., Denisov E. Copy number alterations in early-onset oral squamous cell carcinoma // Radiotherapy&Oncology. Volume 168, Supplement 1 (2022). S84-S85.
Kolegova, ES, Novikov, NM, Kulbakin, DE, Denisov, EV. P-80 Mutational Landscape of Primary and Recurrent Oral Cavity Cancer: a Report of One Young Case // Oral Oncology 2021. – V.118, S. Doi: 10.1016/S1368-8375(21)00367-5

The project “Metagenomics of oral cancer in young adults“, the project leader is Dr. Elena Kolegova, the researcher of Cancer Research Institute of Tomsk NRMC (Supported by the Grant of the President of the Russian Federation)

Publications

Kolegova E.S., Schegoleva A.A., Kononova L.A., Denisov E.V. The Oral Microbiome in the Development of Oral Cancer/ Mol Biol. 58, 205–215 (2024). Doi: 10.1134/S0026893324020092
E.S. Kolegova, L.A. Kononova, I.K. Fedorova, D.E. Kulbakin, I.Zh. Zhalsanova, A.A. Sivtsev, N.A. Skryabin, E.V. Denisov. Oral cancer microbiota in young adults and its significance in disease prognosis // X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2023. — 814 с. – C. 656-657. Doi: 10.25205/978-5-4437-1526-1-334
Колегова Е.С., Кононова Л.А., Федорова И.К., Кульбакин Д.Е., Жалсанова И.Ж., Зарубин А.А., Сивцев А.А., Скрябин Н.А., Денисов Е.В. Микробиота плоскоклеточной карциномы полости рта у молодых пациентов как диагностический и прогностический маркер // Молекулярная диагностика. Сборник трудов / колл. авт. Москва: АО «САЙЕНС МЕДИА ПРОДЖЕКТС», 2023. – 576 с. – С. 34-35.
Колегова Е. С., Кононова Л. А., Федорова И. К., Кульбакин Д. Е., Жалсанова И. Ж., Сивцев А. А., Скрябин Н. А., Денисов Е. В. Особенности микробиома рака слизистой оболочки полости рта у молодых пациентов // Материалы IX Петербургского международного онкологического форума «Белые ночи 2023»: тезисы // Вопросы онкологии. – 2023. – Том 69, № 3 Прил. – С. 322-323.
Кононова Л.А., Колегова Е.С., Федорова И.К., Кульбакин Д.Е., Жалсанова И.Ж., Сивцев А.А., Скрябин Н.А., Денисов Е.В. Сравнительный анализ микробиома рака полости рта у молодых и пожилых пациентов // Сборник тезисов конференции «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов», Сколтех, 19-20 ноября 2022 года. – 54 с. – С. 23-24.
Колегова Е.С., Кононова Л.А., Федорова И.К., Жалсанова И.Ж., Сивцев А.А., Скрябин Н.А., Денисов Е.В. Особенности микробиома рака полости рта у молодых пациентов // Всероссийский Конгресс с международным участием «АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ФУНДАМЕНТАЛЬНОЙ И КЛИНИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЫ». Тезисы – Томск: 2022.
Kolegova E.S. Microbiome features of early-onset oral squamous cell carcinoma based on 16s rRNA profiling // Proceedings of the International University Scientific Forum “Practice Oriented Science: UAE – RUSSIA – INDIA”. Part 2 (November 8, 2022. UAE) – P. 58-61. Doi: 10.34660/INF.2022.97.35.068

Database of clinical and morphological parameters and levels of tumor microbiota at the species level of patient with oral cancer / Kolegova E.S., Kononova L.A., Zhalsanova I.Zh., Sivtsev A.A., Zarubin A.A., Skryabin N. A.A., Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Denisov E.V.
Database of clinical and morphological parameters and levels of tumor microbiota at the genus level of patient with oral cancer / Kolegova E.S., Kononova L.A., Zhalsanova I.Zh., Sivtsev A.A., Zarubin A.A., Skryabin N. A.A., Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Denisov E.V.

The project “Multiomics of oral cancer in young adults“, the project leader is Dr. Elena Kolegova, the researcher of Cancer Research Institute of Tomsk NRMC (Supported by the Russian Science Foundation)

Publications

E.S. Kolegova, A.A. Korobeynikova, R.S. Vorobev, I.K. Fedorova, D.E. Kulbakin, G.A. Kononova, L.D. Zhuikova, A.P. Polyakov, A.V. Mordovsky, I.V. Novikova, A.D. Kaprin, P.A. Shatalov, P.V. Shegai, L.P. Yakovleva, A.S. Vyalov, V.T. Tsiklauri, O.A. Saprina, M.A. Kropotov, N.G. Suchkova, N.S. Sukortseva, S.I. Samoilova, I.V. Reshetov, E.L. Choinzonov, and E.V. Denisov. Genetic alterations of oral cancer associated with progression in young adults // Russian Journal of Genetics, 2025, Vol. 61, No. 5, pp. 564–572. Doi: 10.1134/S1022795425700085
Fedorova I.K., Kolegova E.S., Prostakishina E.A., Dampilova T.D., Patysheva M.R., Yamshchikov P.S., Denisov E.V., Choynzonov E.L., Kulbakin D.E. Low expression of the ST6GAL2 and CD248 genes as an unfavorable prognostic marker of oral squamous cell carcinoma // Head and Neck Tumors. 2023;13(4):92-100. Doi: 10.17650/2222‑1468‑2023‑13‑3‑00‑00